Ngày 20 tháng 6 năm 1861, quân đội miền Nam vùng bắc Virginia được chấn chỉnh lại và đặt tên là Binh đoàn Potomac (trùng tên với một binh đoàn của phe Liên bang miền Bắc).Ngày 20 - 21 tháng 7, Binh đoàn Shenandoah và các đơn vị thuộc vùng Harpers Ferry được sáp nhập vào Binh đoàn Potomac. Ngày 14 tháng 3, sáp nhập thêm Binh đoàn Tây Bắc và đổi tên thành Binh đoàn Bắc Virginia. Ngày 12 tháng 4 1862, sáp nhập thêm Binh đoàn Peninsula vào Binh đoàn Bắc Virginia.[3]

Ngoài các lực lượng vùng Virginia, Binh đoàn Bắc Virginia còn có các đơn vị rải rác khắp lãnh thổ miền Nam Hoa Kỳ, xa xôi như Texas, Arkansas và các đơn vị dân quân vùng New Mexico, Arizona.